Утверждение христианства в качестве государственной религии Римской империи при императоре Константине (285-337) привело к ещё большим гонениям на алхимию, пронизанную языческой мистикой и в силу этого, безусловно, являющуюся ересью. Александрийская академия, как средоточие естествознания неоднократно подвергались разгромам фанатиками-христианами. В 385-415 гг. были разрушены многие здания Александрийской академии, в т.ч. и храм Сераписа. В 529 г. римский папа Григорий I запретил чтение древних книг и занятие математикой и философией; христианская Европа погрузилась во мрак раннего средневековья. Формально Александрийская академия прекратила свое существование после завоевания Египта арабами в 640 г.

Однако научные и культурные традиции греческой школы на Востоке сохранялись какое-то время в Византийской империи (крупнейшая коллекция алхимических рукописей хранится в Библиотеке Святого Марка в Венеции), а затем они были восприняты арабским миром.

Абу Муса Джабир ибн Хайян (721-815), в европейской литературе известный под именем Гебер, разработал ртутно-серную теорию происхождения металлов, которая составила теоретическую основу алхимии на несколько последующих столетий. Суть ртутно-серной теории состоит в следующем.

В основе всех металлов лежат два принципа – Ртуть (философская Ртуть) и Сера (философская Сера). Ртуть является принципом металличности, Сера – принципом горючести. Принципы новой теории, таким образом, выступают как носители определённых свойств металлов, установленных в результате экспериментального изучения действия высоких температур на металлы. Важно отметить, что на протяжении многих веков принималось, будто действие высоких температур (метод огня) есть наилучший метод для упрощения состава тела. Следует подчеркнуть, что философская Ртуть и философская Сера не тождественны ртути и сере как конкретным веществам. Обычные ртуть, и сера представляют собой своего рода свидетельства существования философских Ртути и Серы как принципов, причём принципов скорее духовных, нежели материальных. Металл ртуть, по мнению Джабира ибн Хайяна, представляет собой почти чистый принцип металличности (философская Ртуть), содержащий, тем не менее, некоторое количество принципа горючести (философской Серы).

Согласно учению Джабира, сухие испарения, конденсируясь в недрах Земли, дают Серу, мокрые – Ртуть. Затем под действием теплоты два принципа соединяются, образуя семь известных металлов – золото, серебро, ртуть, свинец, медь, олово и железо. Золото – совершенный металл – образуется, только если вполне чистые Сера и Ртуть взяты в наиболее благоприятных соотношениях. В земле, согласно Джабиру, образование золота и других металлов происходит постепенно и медленно; "созревание" золота можно ускорить с помощью некоего "медикамента" или "эликсира" (al-iksir, от греческого ξεριον, т.е. "сухой"), который приводит к изменению соотношения Ртути и Серы в металлах и к превращению последних в золото и серебро. Поскольку плотность золота больше плотности ртути, считалось, что эликсир должен быть очень плотной субстанцией. Позднее в Европе эликсир получил название "философский камень" (Lapis Philosophorum).

Проблема трансмутации, таким образом, в рамках ртутно-серной теории сводилась к задаче выделения эликсира, обозначаемого алхимиками астрологическим символом Земли.

В средневековой Европе новый интерес к алхимии и философскому камню возникает уже в середине 10-го века, и то, угасая, то, вспыхивая вновь, тянется вплоть до наших дней. Собственно, философский камень - начало всех начал, мифическое вещество, способное дать своему обладателю бессмертие, вечную молодость и знания. Но не эти его свойства, в первую очередь, привлекали алхимиков.

Главное, что делало этот камень таким желанным - это его легендарная способность превращать любой металл в золото! Современная химия не отвергает возможности превращения одного химического элемента в другой, но всё же считает, что средневековые алхимики не могли получать золота из меди. Тем не менее, история сохранила для нас не одну легенду, в которой говорится о подобном превращении. Так, например, Раймунд Луллий (Raimondus Lullius),испанский поэт, философ и знаменитый алхимик, получил от английского короля Эдуарда II в XIV веке, заказ на выплавку 60000 фунтов золота. Для чего ему было предоставлены ртуть, олово и свинец. И, надо сказать, Луллий получил золото! Оно было высокой пробы, и из него было отчеканено большое количество ноблей. Разумеется, проще отнести данный факт к мифам, нежели поверить в него, однако нобли той особой чеканки до сих пор хранятся в английских музеях. А если верить историческим документам, на протяжении долгого времени эти монеты использовались при заключении крупных сделок, что свидетельствовало об их большом количестве.

Но! В это время Англии, в принципе, негде было достать так много золота, причём такого великолепного качества! А основные расчеты, например, с Ганзой, велись оловом. Остается предположить, что в документы вкралась ошибка, и количество золота было, куда меньшим…

Другой факт: император Рудольф II (1552-1612) оставил после смерти большое количество золота и серебра в слитках, приблизительно 8,5 и 6 тонн соответственно. Историки так и не смогли понять, где император мог взять столько драгоценных металлов, если весь национальный запас был меньше. Впоследствии было доказано, что это золото отличается от золота, использовавшегося в то время для чеканки монет - оно оказалось более высокой пробы и почти не содержало примесей, что кажется почти невероятным, учитывая технические возможности того времени.